В мае 2005 года Мещанский районный суд Москвы признал Ходорковского виновным в мошенничестве, присвоении чужого имущества, неуплате налогов и других преступлениях, Михаил Ходорковский осуждён на 9 лет лишения свободы по нескольким статьям УК РФ. Кассационным определением Московского городского суда от 22 сентября 2005 срок был снижен до 8 лет.
Некоторые общественные деятели и организации расценили приговор как преследование по политическим мотивам, инициированное российским руководством в качестве мести Ходорковскому за его финансовую поддержку оппозиционных партий, а также для противодействия его собственным политическим амбициям, подкреплённым значительными финансовыми средствами. По мнению других, наказание было заслуженным.
Некоторые политические наблюдатели в России и за рубежом считают этот приговор и разгром нефтяной компании, принадлежавшей Ходорковскому, местью за то, что тот оказывал финансовую поддержку оппозиционным политическим партиям — КПРФ и «Яблоко». Ходорковский также был потенциальным кандидатом на пост президента.
В итоге основные нефтедобывающие активы компании «ЮКОС» перешли в собственность государственной нефтяной компании «Роснефть», а сама компания «ЮКОС» подверглась процедуре банкротства.
До декабря 2006 года Михаил Ходорковский отбывал наказание в исправительной колонии № 10 общего режима города Краснокаменск Читинской области, а затем вместе с Платоном Лебедевым был переведён в читинский СИЗО, где ему были предъявлены новые обвинения.
Адвокат Платона Лебедева считает, что его подзащитный этапирован в Москву