16 июня 2020 года следователи СК РФ по особо важным делам изъяли из офисов «МПБО-2» и филиала завода на Волхонском шоссе электронные носители и документы, важные для продолжения следственных мероприятий.
Уголовное дело по ч.1 ст. 247 УК РФ в отношении «МПБО-2» было возбуждено 17 апреля 2020 года вследствие допущенных заводом нарушений правил обращения с отходами, представляющими экологическую опасность. По данным СМИ, поводом для этого послужили многочисленные жалобы местных граждан на здоровье, репортажи и работа экоактивистов. Ситуация игнорировалась руководством предприятия, на проблему закрывали глаза надзорные органы. Выявленные нарушения природоохранного законодательства легли в основу дела.
Отдельный вклад в работу по выявлению фактов загрязнения окружающей среды внесла общественная организация «Зеленый Фронт», активисты которой следят за экологической обстановкой в Санкт-Петербурге и Ленинградской области. Благодаря их работе удалось установить, что «МПБО-2» сбрасывает опасные отходы в ручей Нарвин, реки Оккервиль и Нева. Также выяснилось, что мусорный фильтрат наносит непоправимый экологический ущерб почве. Роспотребнадзор проводил собственную проверку на предмет загрязнения заводом атмосферы, в ходе которой стало известно о повышенной концентрации трихлометана (хлороформа) в воздухе.
Руководителю «МПБО-2» Тихону Шмелеву 30 апреля 2020 года предъявили официальное обвинение. По данным СК РФ, именно по его халатности допущены нарушения. В частности, установлено ненадлежащее хранение и складирование мусора, переработать который предприятие не способно ввиду отсутствия соответствующих мощностей (на складе временного хранения скопилось более 40 000 тонн отходов).
Руководство предприятия, не обращая внимания на уголовное дело, попыталось избавиться от мусора при помощи «криминальных схем». Активисты «Зеленого Фронта», наблюдая за «МПБО-2», зафиксировали факт вывоза необработанных отходов, перемешанных с компостом, на грузовике. Самосвал проследовал на территорию «ЛСР. Базовые», где и выгрузил мусор.
До сих пор директор «МПБО-2» Тихон Шмелев, невзирая на общественный резонанс и внимание прессы, не активно идет на контакт с общественностью и прессой. Активистам «Зеленого Фронта» удалось попасть на территорию предприятия лишь после оказанного давления. В ходе осмотра выяснилось, что предприятие буквально завалено неэкологичными отходами. При этом мусорный фильтрат продолжает вытекать с завода, отравляя почву. Как сообщает руководство «МПБО-2», средств на ликвидацию свалки нет. Однако 11 июня стало известно об объявленном предприятием тендере на поиск контрагента, готового вывезти мусор с территории. Стартовая цена контракта – 138,5 миллиона рублей. На это обратил внимание «Зеленый Фронт», задав главе «МПБО-2» вопрос о методах сепарации мусора, поскольку в общей массе перемешаны отходы разных классов опасности (3-го и 4-го).
25 мая 2020 года произошли кадровые перестановки в комитете по благоустройству. Заместитель председателя Кирилл Пащенко, ответственный за «мусорную реформу» и работу профильных предприятий, лишился занимаемой должности. В свете данных событий актуализировался вопрос о дальнейшем решении проблемы свалки на «МПБО-2». СМИ запрашивали информацию по этой ситуации у вице-губернатора по ЖКХ и благоустройству Николая Бондаренко. Тем не менее, запрос был проигнорирован. Как считают в редакции издания Neva.Today, направившего соответствующий запрос вице-губернатору, Бондаренко избегает контактов с прессой из-за вероятного нежелания отвечать на вопросы по острой проблеме, серьезно беспокоящей граждан.