Изгнание из Казанского университета
Петр Францевич Лесгафт является один из основоположников школьной гигиены и врачебно-педагогического контроля в физическом воспитании. С 1868 он состоял на службе при Казанском университете в должности заведующего кафедрой физиологический анатомии, но за свои критические замечания, изложенные в статье «Что творится в Казанском университете?», которая вышла в свет 14 сентября 1871 года, по личному распоряжению Александра II был уволен из университета с запрещением заниматься педагогической деятельностью в течение пяти лет.
Так, отказавшись от деятельности в стенах вуза, в 1871 году Лесгафт начинает читать у себя на квартире лекции по анатомии и физическому образованию. Эти «посиделки» в дружеском кругу друзей и единомышленников учёный вёл в течение двадцати пяти лет.
«Курсы воспитательниц и руководительниц физического образования»
Когда в 1881 году Мария Николаевна, жена известного в Петербурге педагога и публициста Владимира Яковлевича Стоюнина, открывает в столице собственную частную гимназию, в которой индивидуальный подход был главным девизом, Лесгафт создаёт в стенах этого заведения двухгодичные «Курсы воспитательниц и руководительниц физического образования» для девушек, закончивших средние учебные заведения.
Специально для курсов была создана «Программа для преподавания гимнастики девицам» и выявлены восемь возрастных групп согласно развитию женского организма между 10 и 18 годами. Так, например, для каждой из групп были определены базовые упражнения на аппаратах с отягощением, в прыжках и подвижных играх.
Именно в гимназии Стоюниной Лесгафт создаёт основные принципы обучения, порядок врачебного осмотра и отрабатывает систему физического воспитания и подготовки учителей гимнастики, которые позднее находят завершённый вид в трудах учёного.
В 1893 году русский благотворитель и меценат Иннокентий Михайлович Сибиряков, передаёт Лесгафту 200 тысяч рублей и свой петербургский дом, на средства от продажи которого создаётся Биологическая лаборатория.
К 1896 году Лесгафт получает разрешение на создание и открытие «Временных курсов для приготовления руководительниц физического воспитания и игр». Это дата стала не только отправной точкой в истории Академии физической культуры им.П.Ф.Лесгафта, но и годом, когда были проведены первые Олимпийские игры в современном для нас понимании. К слову, женщины к тем соревнованиям не допускались, они могли только горячо переживать за участников, печь пасхальные куличи (соревнования проходили в дни Пасхи) и грустно вздыхать, не зная о том, что в будущем – в 1908 году, в Лондоне, к соревнованиям будут допущены 37 спортсменов женского пола.
Курсы, созданные Лесгафтом, просуществовали всего девять лет, а после, по приказу царя, были ликвидированы. Высшее женское образование только начало делать свои первые неуверенные шаги, а среди убеждённых ретроградов уже укрепилось мнение, что образование для женщины — это блажь и вольнодумство. Подумать только, что за нечистоплотные знания получат барышни, изучая анатомию, физиологию и биологию!
Однако Пётр Францевич был твёрдо уверен в нужности и важности образования для женщин, и с помощью друзей преобразовал Высшие научные курсы в Высшую вольную школу, при которой также начинают функционировать вечерние курсы для рабочих. Вкупе с педагогическим факультетом, создаётся исторический (социальный) и биологический. На Курсах занимаются не только женщины, но и мужчины из демократической интеллигенции.
Школу закрыть, слушателей — распустить
К 1907 году в школу было подано уже более трех тысяч заявлений с просьбой о приёме, но царским указом школа была закрыта как организация в политическом смысле ненадёжная и смутная. На самом деле, школа была «смутной» только потому, что в день Кровавого воскресенья курсы Лесгафта, как и многие другие высшие учебные заведения Петербурга, в знак протеста против произвола царских властей, расстрелявших 9 января демонстрацию трудящихся, прекратили занятия.
Впрочем, у жандармского управления был ещё один повод держать Лесгафта под своеобразным «колпаком» — давние выступления в печати по поводу незаконных действий университетских властей против студенчества не могли быть забыты.
К слову, ещё в 1901 году власти запретили Лесгафту проживание в столице, и именно с того года учёный, поселившись на небольшой даче в Териоках (сейчас Зеленогорск) руководил оттуда Высшими научными курсами воспитательниц и руководительниц физического воспитания. В то же время он создаёт у себя на даче небольшой филиал курсов, где читает основы физического воспитания слушательницам, изгнанным, как и он сам, из столицы.
После смерти профессора в 1909 году его ученики и последователи добились в 1910 году разрешения на открытие Высших курсов. Обучение здесь длилось два года, а после студентов распределяли на три факультета — исторический, физического образования и естествознания. Общий срок обучения составлял четыре года.
Высшие курсы Лесгафта и начало советской власти
Революция 1917 года не смогла прекратить учебной деятельности школы. Однако в 1917-1918 годах нового приёма не было, а преподаватели работали без всякого вознаграждения, ведя отдельные групповые занятия. Невзирая на это, количество слушателей доходило до двухсот человек, и лекции посещали гораздо охотнее, чем это было в других учебных заведениях города: перебои с транспортным движением и скудное питание не могли служить стимулом к обучению. К тому же, лекции проводились в неотапливаемых комнатах, а свечи зажигали только для того, чтобы написать на доске формулу.
В атмосфере голода и разрухи летом 1919 года правительство неожиданно решает создать на базе одного из факультетов Курсов первый в стране Государственный институт физического образования (ГИФО). Нечего и говорить, что новому институту дали имя Лесгафта.
Так стали осваивать новую профессию — специалиста по физической культуре, который поможет создать новых людей — крепких, рослых, мускулистых, способных поднять с колен разорённую революцией и войной страну и пойти навстречу светлому будущему.
Курс обучения был рассчитан на три года, но уже в 1922 году стало ясно, что курс необходимо продлить до четырёх лет.
В 1931 году институт перешёл в ведение Высшего совета физической культуры, а в 1935 году правительство страны, отметив образцовую работу и высокие показатели эффективности, наградило институт орденом В.И.Ленина.
Орден Красного Знамени
Во время Отечественной Войны в стенах института проводилась военно-физическая подготовка, и в первые годы войны институт обучил свыше 120 тысяч бойцов и командиров, владеющих приёмами рукопашного боя, гранатометанием и техникой передвижения на лыжах. Одновременно с подготовкой военных, были созданы курсы медсестёр. Весной 1942 года институт наградили орденом Красного Знамени — это был единственный гражданский вуз, награждённый боевым орденом.
В своё время здесь учились фигуристы-победители Олимпийских игр Елена Шишунова, Татьяна Тотьмянина, Алексей Ягудин, Евгений Плющенко, боксёр Николай Валуев. Здесь преподавал выдающийся академик и лауреат Нобелевской премии Иван Петрович Павлов, физиолог Иван Михайлович Сеченов, основатель эволюционной эндокринологии Лев Германович Лейбсон и «отец советской физики» Абрам Фёдорович Иоффе.
«Собрание учёных людей» 
Школа Крупской, Форш и Блок. Чему учили женщин на Бестужевских курсах 
Профессор Соня. Как Софья Ковалевская стала первой женщиной в Академии наук 
Наука на высоте. Как профессор Яков Захаров положил начало воздухоплаванию