Как сообщают в ГУВД по СПб и ЛО, в июле 2007 года во время проверки сотрудники УБЭП и КУГИ установили, что помещения НИИ занимают посторонние организации без заключения соответствующих договоров. Например, помещения предприятия на Варшавской улице занимает ОАО «Северо-западный телеком», которое уже более 3 лет не платило коммунальные платежи. А они составляли немалую сумму - 1 615 699 рублей, которые покрывало само федеральное учреждение. Сумма арендной платы за тот же период составляет более 20 миллионов рублей.
Помимо этого «Северо-западный телеком» занимает ряд помещений ЛОНИИС на Большой Морской ул., по просроченным договорам аренды, по которым оплата также не производится.
Для сдачи в аренду помещений ФГУП ЛОНИИС Макаров и его зять В. Ковшов, который занимает должность заместителя директора ФГУП ЛОНИИС, создали ряд коммерческих организаций - ЗАО «ЛОЗАР», ЗАО «ИнформСвязьПроизводство», ЗАО «НПП ЛОНИИС-ПРОМЭКС». На протяжении нескольких лет без соответствующих документов и оплаты они занимали крупные площади (более 2000 квадратных метров) помещений ФГУП на ул. Варшавской и Константиновском пр. При этом для сокрытия факта аренды часть сотрудников выше указанных организаций были оформлены в ФГУП «ЛОНИИС» на полставки.
За время работы в ЛОНИИС приобрел в Санкт-Петербурге на себя и своих родственников 4 квартиры и активно строит дачу в Ленинградской области. (Ул. Фрунзе д.16, кв.116, там же кв.43, ул.Победы д.8, кв59, ул. Зои Космодемьянской д.6 корп.1 кв 29).
В деле Макарова существует не мало злоупотреблений, связанных с незаконной сдачей в аренду помещений научного института и хищения средств института.
Нарушения были обнаружены в ходе проверок Федерального агентства по связи, УБЭП ГУВД и КУГИ. Возбуждено уголовное дело.
Незадолго до ареста смоленский мэр жаловался на возросшую активность судов и прокуратуры 
2 тысячи петербуржцев пожаловались на завышенную квартплату